7 diagnoz
2 grupy kontrolne

3693 dawców

43800 prób oryginalnych

27000 prób pochodnych

1693 donorów z nowotworem piersi

872 donorów z nowotworem jelita grubego

489 donorów z nowotworem prostaty

223 donorów z nowotworem pęcherza moczowego

231 donorów z nowotworem nerki

44 donorów z egzokrynnym nowotworem trzustki

35 donorów z chorobą Alzheimera

80 donorów z męskiej grupy kontrolnej¹

26 donorów z żeńskiej grupy kontrolnej²

¹ mężczyźni ≤ 65 lat, bez wywiadu onkologicznego i AD² kobiety poddane operacjom plastycznym piersi

Rak jest definiowany jako choroba o podłożu genetycznym, ale tylko około 10% nowotworów ma podłoże germinalne, czyli pochodzi z komórek zarodkowych. Pozostałe >90% nowotworów powstaje w wyniku mutacji nabytych podczas życia gromadzonych w komórkach somatycznych. Głównym podłożem nowotworów sporadycznych są mutacje postzygotyczne (ang. PZM – post-zygotic mutations), zwane także somatycznymi, powstające i gromadzące w histologicznie zdrowej tkance różnych narządów, w których wraz z upływem czasu może rozwinąć się nowotwór. Ta dziedzina genetyki molekularnej jest jeszcze ciągle stosunkowo mało zbadana.

Działalność biobankowa prowadzona w modelu rozproszonym została zapoczątkowana w naszej jednostce w czerwcu 2019 roku w pięciu jednostkach klinicznych: Centrum Onkologii im. Franciszka Łukaszczyka w Bydgoszczy, Narodowym Instytucie Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie, Oddział w Krakowie, Uniwersyteckim Centrum Klinicznym w Gdańsku, Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie oraz w Szpitalu Specjalistycznym w Kościerzynie. Do tego celu zaprojektowaliśmy i wdrożyliśmy unikalne protokoły pobierania, które pozwoliły na ujednolicenie procedur pomiędzy jednostkami. Wszystkie protokoły powstały w wyniku bliskiej współpracy biologów molekularnych prowadzących badania nad PZMs, chirurgów zaangażowanych w rekrutację i leczenie pacjenta oraz patomorfologów opracowujących materiał pooperacyjny. Wszystkie procedury pobierania tkanek spełniają wymogi etyczne i prawne i zostały zaakceptowane przez Niezależną Komisję Bioetyczną ds. Badań Naukowych (nr zgody NKBBN/564/2018).

Dla każdej z badanych diagnoz onkologicznych od pacjenta pobierane jest do 4 fragmentów guza pierwotnego (PT – Primary Tumor), od 2 do 10 fragmentów zdrowego makroskopowo marginesu (UM – Uninvolved Margin), lokalne przerzuty do węzłów chłonnych (LN – Lymph Node) oraz skórę (S – skin), tam gdzie jest to możliwe. Od pacjentów z chorobą Alzheimera oraz grupy kontrolnej mężczyzn zbierana jest krew obwodowa do sortowania leukocytów metodą cytometrii przepływowej (ang. FACS – Fluorescence Activated Cell Sorting) oraz wymaz ze śluzówki policzka. Tak opracowany materiał jest wykorzystywany w badaniach nad utratą chromosomu Y (ang. LOY – Loss of Chromosome Y). Dla części pacjentek z nowotworem gruczołu piersiowego oraz zdrowych kontroli po zabiegu mammoredukcji wyprowadzane są także hodowle pierwotne fibroblastów stromalnych i skórnych oraz organoidy. Ponadto dla każdego pacjenta pobierane jest do 4 próbek krwi pełnej oraz do 2 osocza do dalszych analiz genomicznych i proteomicznych. W celu uzyskania wysokiej jakości i integralności RNA i DNA standardowy czas pobrania i zamrożenia tkanek w -80°C wynosi maksymalnie 2h od momentu resekcji.

Proces pobierania tkanek w szpitalach jest w pełni skomputeryzowany i częściowo zautomatyzowany. We współpracy z Bioenit Jakub Szymanowski pracownicy Laboratorium Medycyny 3P zaprojektowali, rozwinęli i wdrożyli trzy rozwiązania IT:

• oprogramowanie MABData1 służące do rejestracji pacjentów, danych klinicznych i próbek,
• oprogramowanie MABData2 służące do zarządzania całą kolekcją biobankową w jednostce,
• oprogramowanie Bio3P działające w chmurze w modelu SaaS, z potencjałem do komercjalizacji.

Zaprojektowany i wdrożony przez nas model biobankowania materiału klinicznego umożliwia prowadzenie szerokich analiz „omicznych”. Osoby zainteresowane współpracą z naszym zespołem w ramach posiadanej przez nas kolekcji biobankowej zapraszamy do kontaktu: mab@gumed.edu.pl lub natalia.filipowicz@gumed.edu.pl

Więcej informacji na temat naszej kolekcji tj. protokołów zbierania i rodzaju dostępnego materiału dostępne jest w publikacji: Filipowicz et al. 2022.